Giannutri, come tipologia ambientale prevalente, è un’isola calcarea, in gran parte coperta da vari stadi di degradazione delle foreste di leccio (presenti in lembi residui), con prevalenza di macchia mediterranea, ginepreticostieri, garighe e prati annui. Altre tipologie ambientali rilevanti sono le coste rocciose, le aree edificate e i giardini, i rimboschimenti di conifere. Lunga circa 3 chilometri e larga poco più di 500 metri, per una superficie di 2,6 km², è caratterizzata da una costa frastagliata e rocciosa, interrotta da suggestive calette e numerose grotte. Sull’isola sono presenti due approdi: Cala Spalmatoio, a sud–est e Cala Maestra, a nord–ovest. Sono presenti solo quattro alture: Poggio Capel Rosso (88 m), il punto più alto dell’isola, Poggio del Cannone (68 m), Monte Mario (78 m) e Monte Adami (43 m).